华南生态史研究中心成立于2012年10月，中心主任为衷海燕教授。中心以我校资源环境学院、林学院、人文与法学学院，以及校外合作机构的研究人员为基础，通过整合校内外研究力量而组建的专门致力于华南地区生态历史相关的自然科学与人文社会科学的合作研究基地。华南生态史研究中心的研究是自然科学与人文学科的交叉研究，中心主要依托“农业部华南热带农业环境重点实验室”与“华南农业大学中国农业历史遗产研究所”，利用生态学相关学科的理论与实证研究，结合历史文献资料、地方档案、田野调查资料、社会调查资料等为主要手段开展研究。
中心结合交叉学科的办学思路与特色，不断改善科研体制与基础条件，构建合理的激励机制与管理机制，充分利用并发挥本校可嫁接的学科资源优势，集聚校内本（兼）职从事农业生态研究的专家及青年学者20余人；致力于组织开展农业生态史、林业生态史、土壤生态史、乡村生态社会史等特色领域的系统研究，不断开拓前沿研究领域。目前中心研究成员承担或参与完成了国家级、省部级及其它专项委托课题30余项，主持国家社科基金重大项目1项，相关成果丰硕，并获得了多项奖励或表彰。
